La sezione sulla preistoria espone ceramiche neolitiche e dell'antica età del bronzo, mentre nella sezione relativa ai siti indigeni, situati nell'entroterra di Kamarina, si trova la famosa lastra in calcare con il "Guerriero di Castiglione"; celebri e molto apprezzate le ricostruzioni presenti lungo il percorso museale che includono due necropoli del sito di Kamarina, la fornace di Scornavacche del IV sec. a.C. e una stratigrafia della città di Kamarina, come anche di grande impatto risultano essere i pavimenti a mosaico di una chiesa paleocristiana del VI sec. d.C., la Pirrera, situata nel territorio del vicino comune di Santa Croce Camerina.
Il percorso espositivo articolato in sei sezioni - preistoria, i greci e Kamarina, gli indigeni, i centri ellenistici, i centri tardo-romani e bizantini, collezioni e acquisti - racconta in ordine cronologico le diverse fasi storiche documentate nel territorio ragusano.
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